Գաստրոսկոպիան և կոլոնոսկոպիան կարող են ուղեկցվել նաև մի շարք բուժական և վիրաբուժական միջամտություններով՝ ստամոքսաղիքային համակարգի պոլիպների հեռացում, օտար մարմինների հեռացում, ստամոքսաղիքային արյունահոսությունների դադարեցում, ստամոքսաղիքային տրակտի նեղացումների (ստրիկտուրաների) լայնացում: Այս փոքր միջամտությունները տալիս են հնարավորություն խուսափել որովայնի խոռոչի մեծ վիրահատություններից: Վիրաբուժական էնդոսկոպիայի ցուցումները՝
Էնդոսկոպիան պրակտիկորեն անցավ է, բայց անհրաժեշտության դեպքում կարելի է ցավազրկել (ն/ե նարկոզ): Անզգայացումը կատարվում է ռեանիմատոլոգ-անեսթեզիոլոգի կողմից, որը տևում է մի քանի րոպե: